卫所制度所管理都指挥使司大抵5600名军人为一卫，1120人为一所，一般每卫设左、右、中、前、后5个
千户所;120人为一个百户所，百户所设总旗2个(每总旗辖50人)、小旗10个(每小旗辖10人)。此外，还有一种单独驻扎一个地方，直接归都指挥使司管辖指挥的千户所，叫做守御千户所;还有一种称为“御”(设置数量不多)的军事机构，管2到3个千户所。洪武二十三年(公元1390年)时，全国共有内、外卫547个，所2563个。
卫所军队都有固定的戍所。卫所由朝廷根据各地的防卫、战略需要而设置，或数府一卫，或一府数卫，或一府、一州一个千户所，视各地战略地位之重要与否而定，固定驻屯戍守。从云南来说，明代云南都司所统领的卫所数量，各个时期有所不同，最多时有20卫、3御、18(守御)所，共有133个千户所，卫军约148960人。这些卫所遍布全省各地，指挥和镇抚大都驻在城里。如云南府为都司城，曲靖、临安、楚雄、蒙化为卫城，陆凉、平夷、越州也是卫城，宜良、安宁、易门、杨林、武定、马隆、木密、凤梧为千户所城，通海为御城。其余瀓江、广西(今泸西)等府、州、县的城里亦有卫所兵分驻，负责城防，所谓的“以武卫文”。近城的坝区分千户、百户、总旗、小旗，屯戍垦殖，散为村落。交通沿线也有军户屯田，在驿站冲要之地，设堡军屯田。而哨戍大都在山区，拨军驻守。
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